شورای راهبردی متشکل از حداقل ۵ و حداکثر ۱۵ نفر نماینده مراکز تحقیقاتی سطح کشور ( مشروط بر اینکه دو سوم افراد، نماینده واحدهای حقوقی باشند) می باشد که توسط مجمع عمومی انتخاب و به مدت ۲ سال به عنوان عضو اصلی معرفی می شوند. علاوه بر آن ۲ نفر نیز می توانند به عنوان عضو علی البدل به عضویت شورای راهبردی انتخاب شوند. این شورا در موارد لزوم تشکیل جلسه داده و بالاترین مرجع تصمیم گیری شبکه به حساب می آید. اعضای شورای راهبردی از بین خود یک نفر را به عنوان رئیس شبکه انتخاب می کنند و حکم رئیس شبکه توسط معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به مدت ۲ سال صادر می گردد.
وظایف شورای راهبردی
۱- تهیه و تدوین برنامه های استراتژیک
۲- تعیین اولویتهای تحقیقاتی کلان در راستای مأموریت اصلی شبکه
۳- تعیین زیرساختهای لازم جهت پیشبرد اهداف شبکه
۴- تدوین سیاستهای تأمین و جذب منابع مالی و اداری (داخلی و خارجی) در راستای خوداتکایی
۵- نظارت بر تکمیل و به روز نمودن ورود اطلاعات به بانکهای اطلاعاتی مورد نیاز شبکه
۶- پیشنهاد و انتخاب رئیس شبکه
۷- نظارت بر حسن اجرای وظایف محوله به رئیس شبکه
۸- تدوین آیین نامه های داخلی
۹- انتخاب اعضای کمیته های پژوهشی، آموزشی و نظارت و ارزشیابی و سایر کمیته های مورد نیاز شبکه